Hmm no sé, puedenn ser varias cosas que sin ser experto ni tener cultivos actualmente me imagino que pueden influir.

Las raíces que van creciendo y se van apretando y la planta se “estrangula”.

La acumulación de patógenos en el suelo a lo largo de los años, que podrían atacar las raíces o ser reservorio para enfermedades o infestaciones.

El ciclo de los cultivos, algunos son anuales y otros no

Las plantas tienen una cutícula como barrera natural contra pstógenos, quizá algo de lo que les echas afecta esa barrera y facilita la penetración de hongos.

Los ajos crían moho con facilidad, habrá posobilidad de que hayas usado ajos con esporas e infectado las plantas?

La compactación del sustrato, puede que se haya ido apretando la tierra y eso no deje espacio para el crecimiento óptimo de las raíces o que dificulte la oxigenación y nutrición?

Eso se me ocurre por ahora.

Edit: también el origen puede ser el atsque de los insectos que menvionas, que hacen heridas a la plants y permiten que se infecte.

Edit 2: si no quieres usar métodos químicos industriales, trataría de hacer que llegaran insectos beneficiosos (controladores de plagas) poniendo plantas con flores que atreaen diversos insectos)