Precisamente lo más conveniente es dejar el drive más rápido para root y el otro para /home, para la mayoría de los casos.

EDIT: había escrito como hacerlo con particiones normales. Mi odio contra btrfs me ha vuelto a jugar una mala pasada xD Ahora que lo pienso de nuevo, te conviene hacer un subvolumen te btrfs y ya. Si ya tienes todo el root en btrfs. Lo malo es que no me lo sé de memoria como sí me sé fdisk, mkfs.ext4 y particiones normales.

Lo importante es hacer varios (no uno) backups, con el peor escenario en mente: que te pitiaste toa la wea y que hay que instalar desde cero todo.